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如果硬件方面區別不大，則軟件就成為判定全自動酶標儀優劣的惟一指標。對于用戶來說，好的軟件功能，對實際工作會有較大的幫助。ELISA定性測定，酶標儀如具有陽性判斷值(cut-off)及其測定“灰區”(即指測定吸光度處于cut-off周圍的一定區域，此區域內結果應為“可疑”)的統計計算功能，不但方便了實驗室工作人員，而且在某些特定的情況下，有很高的實用價值。

如血站實驗室為篩檢獻血員血進行HBsAg、抗HCV和抗HIV等的ELISA測定時，常會遇到測定吸光度處于cut-off附近但又低于cut-off的血，按照試劑盒的標準，可判為陰性，血為合格血，可用于患者輸血，但直覺告訴我們，這樣的血如輸給患者，導致輸血后相應疾病發生的可能性較大，這是由ELISA現有的測定技術的不確定性所造成的，也就是ELISA測定的“灰區”的存在使得ELISA測定試劑盒cut-off的設定只是相對的準確，此時的假陽性和假陰性出現的可能性較低。

因此，在血站篩檢獻血員血時，如以測定“灰區”的下限作為判斷獻血員血篩檢不合格標準，就可以避免因“灰區”所致結果判斷錯誤而引起輸血后疾病發生的可能性。全自動酶標儀合適的軟件功能對于ELISA定量測定同樣很重要。有研究表明，四參數方程能較好地反映免疫測定的劑量反應曲線，為適合于定量酶免疫測定的曲線擬合。因此，如目的是定量測定，則在酶標儀的軟件功能中，要有這種曲線回歸方程計算分析功能。其他諸如連點、直線等回歸計算，則可根據全自動酶標儀的應用目的而定，如兼用于微量生化測定，則此類回歸計算就很有必要。